ペアローンで購入した自宅は夫婦の共有名義になっているのが通常であるため（連帯保証型の場合は単独名義のことが多いです。）、これを売却するには夫婦の合意が必要です。

そのため、夫婦の一方が売却を希望しているものの、他方が自宅の取得を希望して売却に合意しない場合には、売却することができません。

この場合、売却を希望するほうとしては、離婚訴訟や離婚後の財産分与の審判（財産分与の調停や審判は離婚後２年以内であれば行うことができます。）で売却を決定してもらうか、共有物分割請求訴訟で競売の判決を得ることが必要になります。

また、ペアローンの残っている自宅を売却する場合、自宅にはローンの貸主（またはその保証会社）を抵当権者とする抵当権が設定されているため、ローンの貸主にこの抵当権を抹消してもらうことが必要になります（抹消してもらえなければ、自宅を買った人は、自宅を売った人が債務の返済を怠ったことで抵当権を実行されて家を失うことになるため、買い手が現れないからです。）。

ペアローンの残額が自宅の売却額を下回る（アンダーローン）の場合には、ローンの貸主も売却代金からローン残額の一括返済を受けられるので自宅の売却に反対することはありません。

ですが、ペアローンの残額が自宅の売却額を上回っている場合には、ローンの貸主としては売却代金で返済を受けてもローンが残ってしまうため、ローンの貸主が自宅の売却（抵当権の抹消）に応じてくれず売却できない場合があります。残ってしまう額が少なく、それを返済する方法があれば、ローンの貸主も売却（任意売却）に応じてくれますが、そうでなければ抵当権が実行されて自宅が競売にかけられることになります。競売代金は通常の売却（任意売却）のの場合の代金よりも少なくなることが多いので、多額の負債が残ってしまうおそれが大きいです。

さらに、売却を希望しているほうが、売却せざるを得ない状況を作り出すために、自分の分のローンの返済を止めてしまう場合があります。この場合、夫婦双方ともに住宅ローンの一括返済を求められ、返済できなければ自宅を売却させられたり競売されたりし、売却代金や競売代金がローン残額に足りなければ債務だけが残ってしまうことになります。売却を希望しているほうにとっても、売却という希望は実現できても、債務が残ってしまうおそれがあることに注意が必要です。